Pakastekuivattu liha ja sisäelimet ovat käsittelystään huolimatta yhä raakaa ruokaa. Tämä tarkoittaa, että niissä mahdollisesti olleita patogeenejä ei ole tuhottu esimerkiksi kuumentamalla. Mutta mitä patogeeneille sitten tapahtuu, kun ne käyvät läpi pakastekuivausprosessin? Kuivaamisen tiedetään hidastavan tai ehkäisevän bakteerien kasvua, riippuen bakteerin ominaisuuksista. Vähäinen vesimäärä aiheuttaa mikrobisoluille mm. suurta stressiä.
Eri bakteerit reagoivat pakastekuivaukseen eri tavalla. Tämä johtuu mm. niiden erilaisista solun pinnan ominaisuuksista. Yleisesti ottaen gramnegatiiviset bakteerit kestävät pakastekuivausta huonommin kuin grampositiiviset bakteerit. Yleisimpiä raaoista lihoista ja sisäelimistä löytyviä patogeeneja ovat E. coli, Yersinia, kampylobakteeri ja salmonella, jotka ovat kaikki gramnegatiivisia bakteereita. Esimerkiksi kampylobakteeri on hyvin herkkä pakastekuivaukselle, eivätkä kaikki selvinneet bakteerit välttämättä toivu uudelleen kostutuksestakaan. E. colin kohdalla tutkimukset taas osoittavat, että noin puolet bakteereista kuolevat pakastekuivauksessa.
Vesimäärän laskiessa tietyn pisteen alapuolelle, salmonella lakkaa lisääntymästä, mutta voi säilyä silti myös kuivatuissa tuotteissa. Pakastekuivauksen on kuitenkin todettu saavan aikaan tilastollisesti merkitsevä väheneminen salmonellan määrässä.
Pakastekuivaus ei siis tapa kaikkia bakteereita, mutta patogeenista riippuen saattaa joko tappaa merkittävänkin osan tai ainakin pysäyttää niiden lisääntymisen. Onkin aina ensiarvoisen tärkeää, että käytetty liha on hyvälaatuista ja täyttää elintarvikehygienian vaatimukset. Best Barfin tuotteet valmistetaan aina suomalaisesta lihasta. Esimerkiksi salmonella on Suomessa lakisääteisesti vastustettava eläintauti naudoilla, sioilla, kalkkunoilla, broilereilla ja munintakanoilla. Niinpä kansallisen salmonellavalvontaohjelman piiriin kuuluvat edellä mainituista eläimistä saatava liha ja kananmunat. Suomi on sitoutunut ohjelman puitteissa pitämään salmonellatason alle yhdessä prosentissa eläinlajikohtaisesti.